Cartographie de la végétation aquatique (macrophytes)

Guide des méthodes · 27 juin 2026

Par une journée chaude et sans vent, quand l’eau est claire, l’équipe se déploie le long de la berge - quelqu’un progresse le long d’un transect de la ligne d’eau vers les profondeurs, quelqu’un identifie une espèce après l’autre, quelqu’un estime la densité de recouvrement du fond. Cartographier les macrophytes est un travail patient et attentif, qui demande un œil pour les plantes et une main pour les notes. Qui cartographie lit l’eau à travers sa végétation : quelles espèces poussent, avec quelle densité et jusqu’à quelle profondeur.

Les macrophytes - plantes aquatiques - sont un indicateur biologique de l’état des eaux : quelles espèces poussent, avec quelle abondance et selon quelle disposition, renseigne sur la fertilité, la clarté et le degré d’altération d’un plan d’eau. Et comme on les cartographie généralement sur de grands plans d’eau isolés - souvent à plusieurs et sans réseau - c’est encore une étude où une bonne organisation des données de l’équipe compte autant qu’un bon œil pour les espèces.

Quoi et comment on évalue

Les rivières et les lacs s’étudient avec des protocoles différents - choisissez le vôtre avant de partir, car des données recueillies avec l’un ne se convertissent pas pour l’autre :

• Rivières (MIR) : sur un tronçon de 100 m, vous relevez les espèces et estimez le recouvrement de chacune sur une échelle à neuf degrés.
• Lacs (ESMI, lacs à forte alcalinité) : sur des transects de la rive à la limite de présence des plantes, vous notez la profondeur maximale de présence des plantes et le recouvrement de l’ensemble du transect en pourcentage (à environ 10 % près), puis les communautés végétales, et non les espèces, avec la part de chacune sur l’échelle de Braun-Blanquet à sept degrés (r, +, 1-5), rapportée à la surface colonisée et non à l’ensemble du transect. L’indice requiert aussi des surfaces : du phytolittoral, du lac et de la zone moins profonde que 2,5 m.

À partir de ces données, on calcule les indices macrophytiques utilisés pour évaluer l’état écologique. La fiche de terrain MIR ne convient pas pour l’ESMI. L’ESMI ne s’applique pas aux lacs à lobélies ; les lacs littoraux et les lagunes ont leurs propres variantes.

L’échelle de recouvrement pour les rivières (MIR) - utilisez celle avec laquelle l’indice se calcule

L’erreur la plus fréquente au départ consiste à inventer sa propre échelle (« peu / moyen / beaucoup »). La méthodologie MIR utilise une échelle de recouvrement à neuf degrés, non linéaire - et si vous voulez un jour calculer l’indice à partir de ces données, notez d’emblée dans celle-ci :

Remarquez que les degrés bas sont très étroits (ils distinguent 0,1 % de 1 %) et les degrés hauts, larges. C’est voulu : la trophie se lit avant tout dans la présence et la faible part des espèces indicatrices, et non dans le fait que la dominante couvre 60 ou 70 % du fond.

L’échelle dans les lacs (ESMI)

Dans les lacs, l’unité n’est pas l’espèce mais la communauté végétale, et l’on évalue sa part de la surface colonisée sur l’échelle de Braun-Blanquet à sept degrés. Pour les calculs, le manuel du GIOŚ convertit les degrés en recouvrement moyen :

Ce qu’il vous faut

• une clé de détermination des plantes aquatiques, éventuellement du matériel de prélèvement (râteau, grappin),
• un bateau / la marche dans l’eau, parfois un aquascope (une boîte à fond vitré),
• une feuille de transect et - en équipe - une échelle de recouvrement convenue (par ex. en pourcentage ou une échelle à quelques degrés).

Comment procéder - étape par étape

1. Définissez des tronçons / transects fixes - en rivière, un tronçon d’étude de 100 m de long ; en lac, des transects d’une largeur d’au moins 30 m (50 m dans les lacs littoraux et les lagunes), menés de la rive jusqu’à la profondeur maximale de présence des plantes.
2. En rivière, identifiez les espèces et estimez le recouvrement de chacune sur l’échelle à neuf degrés (ci-dessus). En lac, identifiez les communautés et évaluez leur part sur l’échelle de Braun-Blanquet.
3. Notez la profondeur limite de la végétation - en lac, ce n’est pas un complément mais un composant de l’indice : l’ESMI utilise le rapport entre la surface colonisée et la surface délimitée par l’isobathe de 2,5 m.
4. Conservez une échelle et une méthode uniformes dans toute l’équipe - sinon les résultats ne sont pas comparables.
5. À partir de ces données, calculez l’indice : MIR pour les rivières, ESMI pour les lacs - chacun selon son propre protocole.

Ce que le résultat signifie

Une végétation submergée riche, atteignant les profondeurs, va généralement de pair avec une eau claire et peu fertile ; la domination de quelques espèces et une faible portée - avec une eau altérée. La plus grande valeur réside dans la tendance : les mêmes transects répétés chaque saison montrent si le plan d’eau s’envase, s’appauvrit ou se rétablit.

Les erreurs les plus fréquentes

• Des échelles de recouvrement différentes au sein de l’équipe - des données incohérentes.
• Oublier la limite de profondeur - on perd un signal important de clarté.
• Changer de transects - on ne peut comparer que le même endroit et la même méthode.
• Cartographier hors saison - la végétation doit être développée.

Quand et à quelle fréquence cartographier

Généralement une fois par saison de végétation, sur les mêmes transects et avec la même méthode - sans répétabilité, il n’y a rien à comparer. La date compte sur le fond, car l’indice décrit la végétation en plein développement : sous climat tempéré, c’est en général de juillet à septembre. Une cartographie avant le pic de végétation sous-estime le recouvrement et modifie le résultat de l’indice : dans les lacs (ESMI), l’évaluation sortira en général plus mauvaise que la réalité ; dans les rivières (MIR), elle peut se déplacer dans les deux sens. Dans les lacs, le GIOŚ recommande juillet ou la première quinzaine d’août et admet la période de la mi-juin à la mi-septembre. Notez la date avec le résultat - dans les comparaisons entre saisons, c’est la première chose qui explique les écarts.

Sources

• Méthodologie de cartographie en rivière et indice MIR : GIOŚ, macrophytes en rivière (PDF) - source de l’échelle de recouvrement et de la longueur du tronçon d’étude.
• Relevés de terrain en lac (transects, phytolittoral, ESMI) : GIOŚ - lignes directrices ESMI (PDF).
• Relevés de terrain en lac d’après le manuel en vigueur : GIOŚ (2020), A. Kolada (red.), Podręcznik do monitoringu elementów biologicznych i klasyfikacji stanu ekologicznego wód powierzchniowych. Aktualizacja metod, chapitre Makrofity w jeziorach, p. 256-270 (PDF).
• Comment une évaluation naît de ces données : l’indice macrophytique MIR et ESMI.

Comment se faciliter la tâche

La cartographie, ce sont des données multi-points collectées en équipe, souvent sans réseau : espèces et recouvrement sur de nombreux transects, répétés saison après saison. Sur le papier, cela vire vite à l’enchevêtrement, et fusionner les notes de plusieurs personnes peut prendre plus de temps que l’étude elle-même.

LimnoLog y met de l’ordre pour vous :

• Mode hors ligne - vous notez sur le transect sans réseau, avec synchronisation au retour dans la couverture.
• Travail d’équipe - un projet partagé, des membres invités et des rôles ; chacun saisit sur les mêmes transects et campagnes, et tous voient un seul jeu de données au lieu de plusieurs tableurs.
• Validation - le coordinateur relit et approuve la campagne (échelle cohérente, complétude) avant qu’elle n’entre dans les synthèses.
• Paramètres personnalisés - espèces, recouvrement et limite de profondeur se notent comme tout autre paramètre ; viennent ensuite le graphique, le partage par un lien et l’export.

Aux côtés des macrophytes, vous y enregistrerez aussi la transparence et les nutriments - la végétation et la chimie de l’eau composent une seule image du plan d’eau.

Les premiers utilisateurs bénéficient pour l’instant d’un accès gratuit et conservent durablement le cœur de l’application gratuit (fonctions supplémentaires aux conditions du programme Founder). Si vous cartographiez la végétation aquatique - jetez-y un œil et essayez.